Из моих давних опытов выходило то, что всё дело в нулевом секторе на CF. Пробовали его перезаписать при помощи
Код: Выделить всё
fdisk /mbr
Должно помочь.
А так Артём верно говорит - иногда по каким-то непонятным причинам ну никак не становиться СF загрузочной.